Normalize Raman Intensity Spectra — normalize

Scales spectra to a common intensity reference. Supports two methods: (1) vector norm (L2 normalization — each spectrum has unit length), or (2) maximum peak scaling (each spectrum's highest point is set to 1). Both are standard practices in Raman spectroscopy for comparing relative band intensities across samples.

Met à l'échelle les spectres selon une référence d'intensité commune. Supporte deux méthodes : (1) norme vectorielle (normalisation L2), ou (2) mise à l'échelle par le pic maximum (le point le plus élevé de chaque spectre est fixé à 1). Les deux sont des pratiques standard en spectroscopie Raman pour comparer les intensités relatives des bandes entre échantillons.

Usage

normalize_raman(raman, sample_ids = NA, method = "vector")

Arguments

raman

A data.frame of Raman spectra in long format with columns `sample_id`, `wavenumber`, and `intensity`, carrying an `intensity` attribute of `"raman"` or `"normalized raman"` (as produced by [read_raman()]). FTIR absorbance/transmittance data is not accepted.

Un data.frame de spectres Raman au format long avec les colonnes `sample_id`, `wavenumber` et `intensity`, portant un attribut `intensity` de `"raman"` ou `"normalized raman"` (tel que produit par [read_raman()]). Les données FTIR d'absorbance/transmittance ne sont pas acceptées.

sample_ids

A vector of one or more `sample_id`s to select.

Un vecteur d'un ou plusieurs `sample_id`s à sélectionner.

method

One of two values: * `"vector"` — L2 normalization: each spectrum is divided by its Euclidean norm. * `"max"` — Maximum scaling: each spectrum is divided by its maximum intensity value.

Une des deux valeurs : * `"vector"` — Normalisation L2 : chaque spectre est divisé par sa norme euclidienne. * `"max"` — Mise à l'échelle maximale : chaque spectre est divisé par sa valeur d'intensité maximale.

Value

A data.frame containing the normalized Raman spectra with `attr(raman, "intensity")` set to `"normalized raman"`.

Un data.frame contenant les spectres Raman normalisés avec `attr(raman, "intensity")` défini sur `"normalized raman"`.

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
# Normalize all samples using vector norm (L2)
normalize_raman(raman_data, method = "vector")

# Normalize all samples by maximum peak height
normalize_raman(raman_data, method = "max")
} # }