Convert `PlotFTIR` data to `ChemoSpec` format

Converts `PlotFTIR` data to that ready to use by the `ChemoSpec` package.

Convertit les données `PlotFTIR` en données prêtes à être utilisées par le paquet `ChemoSpec`.

plotftir_to_chemospec(
  ftir,
  group_crit = NA_character_,
  group_colours = "auto",
  description = "FTIR Study"
)

Arguments

ftir

A data.frame in long format with columns `sample_id`, `wavenumber`, and `absorbance`/`transmittance`. Un data.frame au format long avec les colonnes `sample_id`, `wavenumber`, et `absorbance`/`transmittance`.

group_crit

A vector of character strings. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] `gr.crit` parameter.

Un vecteur de chaînes de caractères. Correspond au paramètre `gr.crit` de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

group_colours

Group colours. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] `gr.cols` parameter.

Couleurs du groupe. Correspond au paramètre `gr.cols` de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

description

A description of the experiment. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] `descrip` parameter.

Description de l'expérience. Correspond au paramètre `descrip` de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

Value

A `ChemoSpec` data object

Un objet de données `ChemoSpec`

See also

[ChemoSpec::files2SpectraObject()] for import requirements, and [chemospec_to_plotftir()] for converting to `PlotFTIR` format.

[ChemoSpec::files2SpectraObject()] pour les conditions d'importation, et [chemospec_to_plotftir()] pour la conversion au format `PlotFTIR`.

Examples

if (requireNamespace("ChemoSpec", quietly = TRUE) && interactive()) {
  # convert biodiesel to a `chemospec` object
  plotftir_to_chemospec(biodiesel)
}