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Read FTIR file

Source: R/io.R
read_ftir.Rd

Reads a provided file and returns a data.frame in the proper format for PlotFTIR functions.

Lit un fichier fourni et renvoie un data.frame dans le format approprié pour les fonctions PlotFTIR.

Usage

read_ftir(path = ".", file = NA_character_, sample_name = NA_character_, ...)

Arguments

path

Path to the file. Default is the current working directory, as ".". Can include the filename, in which case provide NA as the filename.

Chemin d'accès au fichier. Par défaut, il s'agit du répertoire de travail actuel, sous la forme ".". Peut inclure le nom du fichier, auquel cas il faut fournir NA comme nom de fichier.

file

File name, required. If the file and path are provided together as path, then NA is accepted.

Nom du fichier, obligatoire. Si le fichier et le chemin sont fournis ensemble en tant que chemin, alors NA est accepté.

sample_name

Name for sample_id column in the returned data.frame. If not provided, the file name is used without the extension.

Nom de la colonne sample_id dans le data.frame renvoyé. S'il n'est pas fourni, le nom du fichier est utilisé sans l'extension.

...

Additional parameters to pass to the file reading function. For CSV files, see utils::read.csv(), it may be wise to pass col.names to disambiguate the input data.

Paramètres supplémentaires à transmettre à la fonction de lecture de fichier. Pour les fichiers CSV, voir utils::read.csv(), il peut être judicieux de passer col.names pour désambiguïser les données d'entrée.

Value

a data.frame containing the spectral data from the file.

un data.frame contenant les données spectrales du fichier.

See also

read_ftir_directory()

Examples

# Writing a temporary file to read later
tf <- tempfile(fileext = ".csv")
write.csv(sample_spectra[sample_spectra$sample_id == "paper", c("wavenumber", "absorbance")],
  file = tf, row.names = FALSE
)

# Read the .csv file and call the sample `sample1`
read_ftir(tf, sample_name = "sample1")
#> PlotFTIR data:
#>   Spectral range: 650.4205 - 3999.434 cm⁻¹ 
#>   Resolution: variable
#>   Intensity type: absorbance 
#>   Number of samples: 1 
#>   Sample IDs: sample1