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Read FTIR file

Source: R/io.R
read_ftir_directory.Rd

Reads provided files and returns a data.frame in the proper format for PlotFTIR functions.

Lit les fichiers fournis et renvoie un data.frame au format approprié pour les fonctions PlotFTIR.

Usage

read_ftir_directory(path, files, sample_names = NA_character_, ...)

Arguments

path

Path to the file. Default is the current working directory, as ".".

Chemin d'accès au fichier. Par défaut, il s'agit du répertoire de travail actuel, sous la forme ".".

files

File names, required.

Noms de fichiers, obligatoires.

sample_names

Name for sample_id column in the returned data.frame. If not provided, the file names are used without the extension.

Nom de la colonne sample_id dans le data.frame renvoyé. S'il n'est pas fourni, les noms de fichiers sont utilisés sans l'extension.

...

Additional parameters to pass to the file reading function. For CSV files, see utils::read.csv(), it may be wise to pass col.names to disambiguate the input data.

Paramètres supplémentaires à transmettre à la fonction de lecture de fichier. Pour les fichiers CSV, voir utils::read.csv(), il peut être judicieux de passer col.names pour désambiguïser les données d'entrée.

Value

a data.frame containing the spectral data from the files.

un data.frame contenant les données spectrales des fichiers.

See also

read_ftir()

Examples

# Putting some files in a temp dir to read back into PlotFTIR:
td <- tempdir()
write.csv(sample_spectra[sample_spectra$sample_id == "paper", c("wavenumber", "absorbance")],
  file = file.path(td, "ftir_sample_1.csv"), row.names = FALSE
)
write.csv(sample_spectra[sample_spectra$sample_id == "toluene", c("wavenumber", "absorbance")],
  file = file.path(td, "ftir_sample_2.csv"), row.names = FALSE
)

# Read .csv files from the temp directory and call them `sample-1` and `sample-2`
read_ftir_directory(td, c("ftir_sample_1.csv", "ftir_sample_2.csv"), c("sample-1", "sample-2"))
#> PlotFTIR data:
#>   Spectral range: 650.4205 - 3999.434 cm⁻¹ 
#>   Resolution: variable
#>   Intensity type: absorbance 
#>   Number of samples: 2 
#>   Sample IDs: sample-1, sample-2